Masjid Bayt Al-Qur'an berada di bagian depan dari keseluruhan bangunan gedung BQMI. Posisinya yang di depan ini memudahkan pengunjung maupun masyarakat untuk menggunakannya sebagai tempat beribadah. Masjid ini bisa digunakan untuk sholat lima waktu.
Aula dan Ruang Kelas
Bayt Al-Qur'an dan Museum Istiqlal menyediakan ruang aula untuk digunakan sebagai tempat acara dan ruang kelas untuk penggunaan jika mengadakan pelatihan. Aula tersedia 3 dengan kapasitas yang berbeda. 2 ruang berkapasitas 100 orang dan 1 aula berkapasitas hingga 400 orang. Sedangkan ruang kelas tersedia 2 ruang dengan kapasitas 20 orang per ruang.
Perpustakaan
Perpustakaan Lajnah Pentashihan Mushaf Al-Qur'an ini khusus untuk pegawai di lingkungan Lajnah Pentashihan Mushaf Al-Qur'an (LPMQ). Kekhususan ini untuk menunjuang tugas pokok dan fungsi LPMQ sebagai lembaga yang memiliki wewenang untuk mentashih Mushaf Al-Qur'an yang akan dicetak, mengawasi peredarannya, mengembangkan kajian tentang Al-Qur'an, mendokumentasikan Mushaf Al-Qur'an yang beredar di Indonesia, serta melakukan konservasi terhadap manuskrip koleksi BQMI.
Area Bermain
Area bermain untuk pengnjung berlokasi di samping Gedung Bayt Al-Qur'an dan di depan gedung Museum Istiqlal. Area ini tersedia beberapa mainan untuk anak-anak seperti ayunan, prosotan dan lainnya. Pengunjung juga bisa menikmati air mancur yang berada di sekitarnya. Selain itu, area ini juga dikelilingi area taman dan Kebun Al-Qur'an.
Disabilitas
Sejak awal BQMI dirancang untuk ramah terhadap pengunjung yang memiliki keterbatasan fisik maupun lansia. Mulai dari akses menuju ruang pamer yang tersedia tempat untuk pengguna kursi roda, menuju lantai dua maupun sebaliknya juga dibangun dengan model jalan turunan bukan tangga.