Ide awal pendirian Bayt Al-Qur'an muncul dari Dr. H. Tarmizi Taher pada tahun 1994 ketika ia menjabat sebagai Menteri Agama RI. Pada suatu ketika ia mendampingi Presiden H.M. Soeharto menerima hadiah sebuah Al-Qur'an besar dari Pondok Pesantren Al-Asy'ariyah, Kalibeber, Wonosobo, Jawa Tengah. Satu tahun kemudian, tepatnya pada 1995, pada peringatan 50 tahun kemerdekaan RI, Presiden meresmikan Mushaf Istiqlal yang telah selesai dikerjakan sejak tahun 1991. Mushaf Istiqlal merupakan sebuah mushaf ukuran besar yang ditulis dengan khat yang indah, dilengkapi dengan hiasan (iluminasi) dari ragam hias 27 provinsi di Indonesia. Pada waktu itulah tercetus ide untuk mendirikan Bayt Al-Qur'an (berarti “Rumah Al-Qur'an”) sebagai tempat untuk menghimpun, menyimpan, memelihara, dan memamerkan mushaf Al-Qur'an dari berbagai macam bentuk dan jenis, yang tersebar di seluruh penjuru Nusantara. Ide ini kemudian langsung mendapat dukungan Ibu Tien Soeharto yang langsung mewakafkan tanah seluas satu hektar di kompleks Taman Mini Indonesia Indah, Jakarta Timur, tepatnya di sebelah kanan pintu masuk utama TMII.
Setelah melalui tahapan perencanaan, gagasan untuk memperluas fungsi Bayt Al-Qur'an muncul terutama selepas penyelenggaraan Festival Istiqlal kedua pada tahun 1995. Pada penyelenggaraan festival tersebut telah banyak dihimpun benda-benda koleksi budaya Islam Nusantara yang pada saat itu belum terpikirkan akan ditempatkan di mana. Ide yang pada awalnya hanya untuk menghimpun naskah-naskah Al-Qur'an, kemudian diperluas untuk menghimpun, memamerkan, dan mengkaji sejarah serta budaya Islam Nusantara. Sejak saat itulah, timbul rencana untuk menggabungkan ide pendirian Bayt Al-Qur'an dengan pendirian Museum Istiqlal.
Bayt Al-Qur'an dan Museum Istiqlal dimaksudkan untuk menjadi dua lembaga yang memiliki kesatuan utuh, dengan perannya masing-masing. Keduanya menyatu dalam upaya meningkatkan kecintaan, pemahaman, dan pengamalan Al-Qur'an. Melihat kedudukan dan fungsinya, Museum Istiqlal tidak dapat dipisahkan dari Bayt Al-Qur'an. Bayt Al-Qur'an menggambarkan fungsi Al-Qur'an sebagai petunjuk manusia, dan Museum Istiqlal merupakan perwujudan pelaksanaan petunjuk Allah dalam kehidupan dan budaya umat Islam Nusantara. Lebih dari sekadar tempat untuk menyimpan dan memamerkan Al-Qur'an dari berbagai tempat di Indonesia, Bayt Al-Qur'an & Museum Istiqlal juga merupakan wadah kajian dan pengembangan ilmu yang berkaitan dengan Al-Qur'an dan budaya Islam.
Akhirnya pada tanggal 20 April 1997 Bayt Al-Qur'an & Museum Istiqlal diresmikan pembukaannya oleh Presiden RI H.M. Soeharto, sebagai tonggak perkembangan dan kebesaran Islam di Indonesia: menyiarkan kegemilangan dari masa lalu, masa kini dan masa yang akan datang.
Bayt Al Qur an Museum Istiqlal BQMI yang pengelolaannya di bawah Lajnah Pentashihan Mushaf Al Qur an LPMQ Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama Republik Indonesia menjadi museum kebanggaan Kementerian Agama Pengembangan storylinenya dilakukan secara berkala agar pengunjung yang datang berkali kali pun tidak merasa bosan untuk kembali berkunjung Demikian dirasakan Kepala Pusdiklat Tenaga Teknis Pendidikan dan Keagamaan Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama Dr Imam Safe i M Pd saat mengunjungi BQMI Kamis 20 1 2022 Menurutnya di BQMI tersimpan aset luar biasa yang jumlahnya sangat banyak diantaranya adalah manuskrip yang memiliki sejarah dan bukti otentik perkembangan Islam di Indonesia Alhamdulillah paling luar biasa apresiasi saya kepada teman teman bisa memelihara aset yang luar biasa tuturnya Ia berharap BQMI semakin ramai dan menjadi destinasi wisata religi bagi kalangan siswa santri mahasiswa maupun umat Islam pada umumnya Mudah mudahan ke depan tetap menjadi destinasi teman teman kita dari santri mahasiswa sekolah sekolah untuk meramaikan Bayt Al Qur an Ia berharap Al Qur an sebagai kitab suci pedoman bagi umat Islam akan selalu menjadi pedoman dan terpatri dalam hati Mudah mudahan sesuai semboyannya Al Qur an di hatiku pungkasnya Turut hadir mendampingi kunjungannya Koordinator Pentashih Mushaf Al Qur an Deni Hudaeny A Arifin Koordinator Bayt Al Qur an dan Dokumentasi Liza Mahzumah Subkoordinator Dokumentasi Nur Mustajabah Subkoordinator Pentashihan Mushaf Al Qur an Tuti Nurhayati dan staf BQMI ATH
Bayt Al Qur an Museum Istiqlal BQMI yang dikelola oleh Lajnah Pentashihan Mushaf Al Qur an LPMQ Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama RI menyiapkan dan akan segera membuka galeri harmoni Dalam situasi pandemi saat ini berbagai persiapan tetap dilakukan guna mewujudkan galeri tersebut Koordinator Bidang Bayt Al Qur an dan Dokumentasi Liza Mahzumah menyampaikan bahwa galeri harmoni yang akan dilaksanakan mengambil tema Moderasi Beragama sesuai dengan salah satu program nasional dalam penguatan moderasi beragama Tujuan kegiatan ini adalah pertama untuk memperkuat moderasi beragama dalam rangka menjaga kerukunan umat beragama kedua mewujudkan galeri bersama antar umat beragama yang menarik dan edukatif serta memberikan pemahaman yang baik antar pemeluk agama ketiga menumbuhkan rasa saling menghargai antar pemeluk agama dan keempat meneguhkan nilai nilai persaudaraan sebangsa dan senegara jelasnya Ia juga menuturkan bahwa salah satu hal yang mendasari penyelenggaraan pameran galeri agama ini adalah menjalankan bagian dari tugas dan fungsi museum yaitu menyelenggarakan edukasi dan menyampaikan informasi Dua tugas tersebut merupakan tugas utama museum selain tugas dan fungsi menyelenggarakan konservasi Salah satu hal yang mendasari pendirian galeri agama adalah dalam rangka menghadirkan display atau pameran berbagai agama yang berkembang di Indonesia dalam rangka edutainment Dengan demikian diharapkan antar umat beragama saling mengenal agama yang satu dengan yang lain sehingga timbul rasa saling menghargai antar umat beragama tuturnya Dalam rapat persiapan yang diselenggarakan pada hari Senin 21 6 2021 di Depok turut hadir perwakilan perwakilan dari Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Ditjen Bimas Islam Ditjen Bimas Katolik Ditjen Bimas Kristen Ditjen Bimas Hindu Ditjen Bimas Budha Pusat Bimbingan dan Pendidikan Pusbindik Khonghucu dan perwakilan dari Pusat Kerukunan Umat Beragama PKUB Athoillah
Bayt Al Qur an Museum Istiqlal BQMI mendapatkan bantuan berupa pembuatan kotak penyimpanan manuskrip dan digitalisasi naskah kuno Bantuan diserahkan Kamis 17 3 2022 di BQMI setelah sebelumnya dikerjakan di Perpustakaan Nasional Perpusnas yang memiliki peralatan yang lengkap Koordinator Bayt Al Qur an dan Dokumentasi Liza Mahzumah meyampaikan terima kasih atas kerja sama dan bantuan preservasi yang diberikan Perpusnas kepada BQMI Kotak penyimpanan naskah ini akan sangat bermanfaat untuk mengamankan koleksi naskah yang dimiliki BQMI terutama koleksi manuskrip Mushaf Al Qur an yang rerata sampulnya sudah tidak ada dan jilidan sudah rapuh Terima kasih atas kerja samanya Koleksi naskah yang dibuatkan kotak adalah Mushaf Al Qur an dan naskah kitab Islam Ini merupakan bagian dari memuliakan Al Qur an Semoga menjadi amal ibadah bagi bapak ibu semuanya Dan kami mengucapkan terima kasih tutur Liza Salah satu cara untuk merawat koleksi dalam bentuk naskah adalah dengan membuatkan kotak khusus masing masing naskah dan pendigitalisasian Seperti yang disampaikan Kepala Pusat Preservasi dan Alihmedia Bahan Perpustakaan Made Ayu Wirayati bahwa Perpusnas juga memiliki tugas melakukan penyelematan naskah naskah di Indonesia dan menyediakan bahan bacaan untuk masyarakat Memang tugas kami dalam hal preservasi naskah yang ada di Indonesia memberikan bantuan preservasi konservasi workshop digitalisasi dll Kami berharap naskah naskah yang ada di sini terselamatkan katanya Pemberian bantuan preservasi berupa pembuatan kotak naskah dan digitalisasi ini diawali sejak tahun 2021 yakni BQMI mengirimkan permohonan bantuan preservasi naskah ke Perpusnas Permohonan tersebut mendapatkan persetujuan dan dilaksanakan pembuatan 69 kotak naskah dan digitalisasi 35 naskah Kami tahun ini baru bisa membantu itu saja Sekarang kami buatkan 69 kotak naskah dan kita buatkan dvd hasil digitalisasi beberapa naskah Rencana akan kita unggah di website khastara tutup Faiz Atho