Ide awal pendirian Bayt Al-Qur'an muncul dari Dr. H. Tarmizi Taher pada tahun 1994 ketika ia menjabat sebagai Menteri Agama RI. Pada suatu ketika ia mendampingi Presiden H.M. Soeharto menerima hadiah sebuah Al-Qur'an besar dari Pondok Pesantren Al-Asy'ariyah, Kalibeber, Wonosobo, Jawa Tengah. Satu tahun kemudian, tepatnya pada 1995, pada peringatan 50 tahun kemerdekaan RI, Presiden meresmikan Mushaf Istiqlal yang telah selesai dikerjakan sejak tahun 1991. Mushaf Istiqlal merupakan sebuah mushaf ukuran besar yang ditulis dengan khat yang indah, dilengkapi dengan hiasan (iluminasi) dari ragam hias 27 provinsi di Indonesia. Pada waktu itulah tercetus ide untuk mendirikan Bayt Al-Qur'an (berarti “Rumah Al-Qur'an”) sebagai tempat untuk menghimpun, menyimpan, memelihara, dan memamerkan mushaf Al-Qur'an dari berbagai macam bentuk dan jenis, yang tersebar di seluruh penjuru Nusantara. Ide ini kemudian langsung mendapat dukungan Ibu Tien Soeharto yang langsung mewakafkan tanah seluas satu hektar di kompleks Taman Mini Indonesia Indah, Jakarta Timur, tepatnya di sebelah kanan pintu masuk utama TMII.
Setelah melalui tahapan perencanaan, gagasan untuk memperluas fungsi Bayt Al-Qur'an muncul terutama selepas penyelenggaraan Festival Istiqlal kedua pada tahun 1995. Pada penyelenggaraan festival tersebut telah banyak dihimpun benda-benda koleksi budaya Islam Nusantara yang pada saat itu belum terpikirkan akan ditempatkan di mana. Ide yang pada awalnya hanya untuk menghimpun naskah-naskah Al-Qur'an, kemudian diperluas untuk menghimpun, memamerkan, dan mengkaji sejarah serta budaya Islam Nusantara. Sejak saat itulah, timbul rencana untuk menggabungkan ide pendirian Bayt Al-Qur'an dengan pendirian Museum Istiqlal.
Bayt Al-Qur'an dan Museum Istiqlal dimaksudkan untuk menjadi dua lembaga yang memiliki kesatuan utuh, dengan perannya masing-masing. Keduanya menyatu dalam upaya meningkatkan kecintaan, pemahaman, dan pengamalan Al-Qur'an. Melihat kedudukan dan fungsinya, Museum Istiqlal tidak dapat dipisahkan dari Bayt Al-Qur'an. Bayt Al-Qur'an menggambarkan fungsi Al-Qur'an sebagai petunjuk manusia, dan Museum Istiqlal merupakan perwujudan pelaksanaan petunjuk Allah dalam kehidupan dan budaya umat Islam Nusantara. Lebih dari sekadar tempat untuk menyimpan dan memamerkan Al-Qur'an dari berbagai tempat di Indonesia, Bayt Al-Qur'an & Museum Istiqlal juga merupakan wadah kajian dan pengembangan ilmu yang berkaitan dengan Al-Qur'an dan budaya Islam.
Akhirnya pada tanggal 20 April 1997 Bayt Al-Qur'an & Museum Istiqlal diresmikan pembukaannya oleh Presiden RI H.M. Soeharto, sebagai tonggak perkembangan dan kebesaran Islam di Indonesia: menyiarkan kegemilangan dari masa lalu, masa kini dan masa yang akan datang.
Sebagai bagian dari pelayanan publik Lajnah Pentashihan Mushaf Al Qur an senantiasa melakukan evaluasi atas pelayanan publik yaitu kepuasan masyarakat atas layanan Bayt Al qur an Museum Istiqlal Pelayanan yang diberikan adalah pemanduan museum kepada pengunjung Tahun 2018 dilakukan survey kepada pengunjung Penelitian ini melibatkan 101 responden dengan komposisi responden laki laki 46 dan peremuan 54 cukup berimbang Dari aspek usia didominasi oleh mereka dengan pendidikan SLTA dan Sarjana Aspek pekerjaan adalah pelajar dan pegawai Ada 16 enam belas instrumen kepuasan yang digunakan untuk pengukur kepuasan layanan Secara keseluruhan indeks kepuasan masyarakat IKM atas layanan pemanduan museum adalah 87 35 dalam rentang PUAS Masyarakat menilai pelayanan pemanduan memberikan gambaran yang jelas dan menambah pengetahuan bagi mereka sehingga memberikan respon puas Aspek yang paling dominan atau berada dalam tingkat kepuasan sangat puas adalah Kenyamanan lingkungan kebersihan kerapian dan ketersediaan fasilitas pendukung pelayanan dengan skor di atas 90 Aspek lainnya mempunyai tingkat kepuasan antara 84 89 yaitu Keamanan dalam penggunaan saranan dan prasarana Kesopanan dan keramahan petugas Ketepatan petugas dalam memberikan jenis pelayanan Ketepatan waktu petugas dalam memberikan pelayanan Keamanan lingkungan Keterbukaan Informasi mengenai prosedur pelayanan Kecepatan pelayanan Kemampuan fisik intelektual dan administrasi petugas pelayanan Kemudahan dalam mengurus dan memenuhi persyaratan pelayanan Kepastian petugas yang melaksanakan pelayanan Kepastian jadwal pelayanan Kesamaan perlakukan dalam memberikan pelayanan Kejelasan identitas petugas pelayanan Kesederhanaan dan kejelasan alur dalam prosedur pelayananSeiring dengan semangat reformasi birokrasi dalam pelayanan Lajnah Pentashihan Mushaf Al Qur an telah mengembangkan aplikasi android yang berisi tentang koleksi museum yang dapat diakses oleh masyarakat Setiap tahun jumlah pengunjung mencapai rerata 120 ribu orang baik individu keluarga atau juga lembaga instansi yang sebelumnya telah melakukan reservasi permohonan layanan
Jakarta 15 05 2018 Workshop dan pelatihan menulis kaligrafi Al Quran digital 30 juz yang diselenggarakan oleh Bayt Al Quran museum Istiqlal Lajnah Pentashihan Mushaf Al Qur an diikuti oleh 40 master kaligrafer dari berbagai daerah Peserta peserta ini merupakan hasil seleksi dari sekitar 75 kaligrafer yang mendaftar Menurut Saifuddin sebagai penanggungjawab kegiatan perlu ada seleksi peserta karena untuk menulis Al Qur an 30 juz diperlukan kaligrafi yang bagus dan sesuai dengan kaidah Dalam sambutannya Muhlis M Hanafi selaku kepala LPMQ mengatakan bahwa kegiatan ini dimaksudkan untuk memperkenalkan hasil terobosan TIM IT LPMQ yang diketuai oleh Zarkasyi telah berhasil mengembangkan cara menghasilkan master tulisan Al Qur an 30 juz dengan cara yang simpel dan cepat Sehingga akan membantu para master kaligrafer untuk menghasilkan karya tulisan 30 juz Berawal dari kunjungan TIM IT Mujamma Malik Fahd Madinah tahun lalu yang memperkenalkan perkembangan IT dalam dunia penerbitan Al Qur an di Mujamma Pertemuan ini kemudian menginspirasi TIM IT LPMQ dalam mengembangkan pelayanan Al Quran berbasis IT Para guru kaligrafi yang hadir kebanyakan merupakan perwakilan dari lembaga lembaga kaligrafi di Indonesia seperti LEMKA Ciputat dan Sukabumi PSKQ Kudus SYAKAL Jombang dan beberapa guru kaligrafi dari Sumatera dan Kalimantan Lanjut Muhlis melalui kegiatan ini diharapkan masing masing kaligrafer bisa menghasilkan tulisan 30 juz serta mengembangkan di tempat masing masing Untuk itu TIM IT memberikan pendampingan secara online kepada semua peserta yang hadir hingga masing masing dapat menuntaskan karyanya Di akhir sambutan Muhlis memberikan motivasi agar berkarya sebaik baiknya dan insyaallah tahun depan akan diperlombakan penulisan Al Qur an 30 juz di LPMQ Syaifuddin
Bayt Al Qur an Museum Istiqlal BQMI Lajnah Pentashihan Mushaf Al Qur an Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama RI turut serta dalam Pameran Kesejarahan yang diselenggarakan oleh Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Pemerintah Provinsi Jawa Tengah 19 23 September 2019 di Gedung Wiworo Wiji Pinilih Kota Magelang Tujuan pameran keliling ini adalah menyampaikan informasi kepada masyarakat baik melalui koleksi maupun materi pameran yang disajikan Dari kegiatan ini diharapkan masyarakat mendapatkan wawasan pengetahuan yang lebih luas Salah satu petugas pemandu stan pameran BQMI Ibnu A thoillah mengatakan bahwa masih banyak masyarakat yang tidak bisa membedakan Al Qur an dan Mushaf Al Qur an Kegiatan pameran ini khususnya bagi anak anak sekolah menjadi sarana yang efektif untuk mengenal perkembangan penyalinan Mushaf Al Qur an Salah satu pengalaman menarik saya adalah ketika ada pengunjung stan pameran seorang ibu guru sekolah SD di Kota Magelang yang bertanya tentang materi pameran Ia bingung kok bisa Al Qur an berkembang katanya Sebagai pemandu ia menjelaskan tentang apa itu Al Qur an Mushaf Al Qur an dan bagaimana perkembangan aksara Arab dari zaman Nabi saw hingga di Indonesia secara singkat termasuk asal usul naqt al i rab dan naqt al i jam dll Selain penjelasan secara lisan ia juga menunjukkan contoh perbedaan teks mushaf Al Qur an dari masa ke masa pada komputer yang disediakan di stan Setelah mendapatkan penjelasan dengan singkat beserta contohnya yang bisa dilihat pada komputer yang disediakan ibu guru tersebut bilang saya jadi merinding setelah mendapatkan penjelasan ini Baru kali ini saya mendapatkan pengetahuan ini katanya Pengunjung lain yang juga seorang guru minta soft file presentasi tentang Penulisan dan Penyalinan Mushaf Al Qur an yang disediakan stan BQMI untuk dijadikan tambahan materi pembelajaran Semoga ini menjadi bermanfaat untuk kita semua Terima kasih atas ilmu dan materi pelajaran yang kami dapatkan Semoga Allah membalas kebaikan untuk BQMI tutur pengunjung tersebut